L’édifice contient actuellement 2 orgues : l’orgue Walcker de 1870, agrandi dans les années 1950, et l’orgue Saint-Martin de 1996. Un troisième orgue, un instrument italien de 1706, y sera placé après la restauration intérieure de la Collégiale.

	L'orgue Walcker

L’orgue Walcker est actuellement en très mauvais état, mais il a conservé tous ses sommiers et ses tuyaux, dont certains ont été modifiés, ainsi que sa mécanique, tirée par un appareil électrique. Des sommiers d’appoint électriques ont été placés à plusieurs endroits pour accueillir les jeux ajoutés. Tous les documents et tout le matériel permettant la restauration de cet instrument dans son état d’origine sont en notre possession, de sorte que les travaux pourraient être entrepris en même temps que la restauration de l’édifice. La Collégiale possèderait ainsi un instrument moderne, un romantique et un baroque.

La composition actuelle est la suivante :

	L'orgue Saint-Martin

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Cet instrument a été construit en 1996 par la Manufacture de Saint-Martin, selon des idées de Guy Bovet. Il s’agit d’un orgue moderne de quatre claviers et pédale, rassemblant toutes les couleurs connues de l’orgue.

Haut de 11 mètres en pesant 11 tonnes, il est construit sur un soubassement à coussin d’air permettant de déplacer l’instrument sans effort. En voici la composition :